EU-ETSの海運への適用拡大は2024年1月に開始され、5,000GT以上の船舶がEU/EEA域内港間および域内港発着航路で排出するCO2が対象となる。域内航路は排出量の100%、EU域内港と域外港間の航路は50%が対象となり、段階的に適用率が引き上げられる（2024年40%、2025年70%、2026年100%）。船社はEU排出枠（EUA）を市場で購入して排出量をカバーする義務を負い、EUA価格は2025年時点で1トンあたり60〜80ユーロで推移している。この費用は最終的にサーチャージとして荷主に転嫁される。2026年からはメタン（CH4）とN2Oも対象GHGに追加される。EU-MRV（Monitoring, Reporting and Verification）規則に基づく排出量のモニタリング・報告が前提条件となる。