フラットラックコンテナは、標準ドライコンテナでは積載できない大型機械、建設資材、車両、鋼管などの輸送に使用される特殊コンテナである。20ftおよび40ftの規格があり、端壁が折りたたみ式（コラプシブルタイプ）のものは空コンテナの回送時にスタッキングが可能で、リポジショニングコストの削減に寄与する。貨物の固縛にはワイヤーロープ、ターンバックル、チェーンを用いた専門的な作業が必要だ。本船上では上部に他のコンテナを積めないためスペース効率が低下し、フレートはドライコンテナの2〜3倍に設定されることが多い。事前のブッキングと船社への図面・重量情報の提出が必須となる。