食品衛生法に基づき、全ての輸入食品は厚生労働省（検疫所）への届出が義務付けられる。輸入届出は通関前に行い、書類審査・検査命令・モニタリング検査のいずれかの対象となる。残留農薬はポジティブリスト制度（2006年導入）により一律基準0.01ppmが適用され、基準値を超えた場合は廃棄または積戻しとなる。2021年6月にはHACCP（危害要因分析重要管理点）に沿った衛生管理が全食品事業者に義務化された。違反事例が多い国・品目は「検査命令」対象となり、全ロット検査が課される。検査結果判明まで貨物は搬出できず、リードタイムが数日〜2週間延びる場合がある。