海上運賃は、コンテナ単位（FCL）または容積・重量単位（LCL）で算出され、基本運賃（ベースレート）に燃料調整係数（BAF/EBS）、通貨変動調整係数（CAF）、ターミナルハンドリングチャージ（THC）などのサーチャージが加算される。FCLの場合は20フィート・40フィートコンテナ単位で提示されるのが標準で、LCLではCBM（立方メートル）あたりまたはトンあたりの高いほうが適用される。運賃水準は航路の需給バランスに大きく左右され、SCFIやFBXなどのスポット運賃指数が市況の指標となる。大口荷主は船社と年間契約（サービスコントラクト）を締結し、スポット市況より安定した運賃を確保する。2020〜2022年のコンテナ船運賃高騰ではアジア〜欧米航路のスポットレートが通常の10倍以上に達し、運賃の変動リスク管理の重要性が改めて認識された。