植物防疫法に基づき、種子・苗木・生鮮果実・野菜・穀物・木材・切花などの植物類の輸入には、輸出国政府機関が発行する植物検疫証明書（Phytosanitary Certificate）の添付と、日本の植物防疫所での輸入検査が必要となる。特定の病害虫が発生している地域からの輸入は禁止または条件付き許可となり、例えばミカンコミバエの発生国からの柑橘類は蒸熱処理等の検疫措置が求められる。輸入禁止品は農林水産省令で定められ、土付き植物や特定地域の種子等が該当する。木材こん包材についてはISPM No.15に基づく消毒処理（熱処理または臭化メチル燻蒸）済みのマーク表示が国際的に義務化されている。