事後調査は関税法第105条に基づく税関の権限で実施され、輸入許可から5年以内の取引が対象となる。税関職員が輸入者の事業所に出向き、インボイス・契約書・支払記録・会計帳簿などを照合して、申告価格の正確性、HSコードの適正性、原産地証明の妥当性などを検証する。調査の結果、過少申告が発覚した場合は修正申告が求められ、追徴税額に加えて過少申告加算税（10%〜15%）や延滞税が課される。悪質な場合は重加算税（35%〜40%）の対象となる。2023年度の事後調査実績では、調査件数約6,000件に対し約8割で非違が指摘されており、申告精度の向上が業界全体の課題となっている。