原産地規則は「どの国の産品とみなすか」を判定するための基準体系であり、特恵原産地規則と非特恵原産地規則に大別される。EPA/FTAの特恵税率を適用するには協定ごとの特恵原産地規則を満たす必要があり、主な判定基準として完全生産品基準（当該国で完全に生産された貨物）、関税分類変更基準（CTC）、付加価値基準（VA）、加工工程基準がある。品目ごとに適用される規則が異なり、品目別規則（PSR: Product Specific Rules）として協定の附属書に詳細に規定されている。原産地規則を満たさない場合は特恵税率が適用されず、MFN税率が課されるため、サプライチェーン全体の原産性管理が不可欠となる。