特定原産地証明書は、EPA/FTAの特恵税率を利用するための必須書類であり、貨物が当該協定の原産地規則を満たすことを証明する。日本から輸出する場合は日本商工会議所が発給機関となり、輸出者は「原産品判定依頼」と「証明書発給申請」の2段階の手続きを行う。判定依頼では、品目別規則（PSR）に基づいて原産性を証明するための資料（製造工程表、原材料表、コスト計算書等）を提出する。判定が認められると企業登録が完了し、以後は同一品目について発給申請のみで証明書を取得できる。証明書の有効期間は発給日から1年間であり、輸入国の税関に提出して特恵税率の適用を受ける。