日本の関税率は複層構造をとり、最も基本的な「基本税率」（関税定率法別表）、政策的に暫定的に適用される「暫定税率」（関税暫定措置法）、WTO加盟国に適用される「協定税率」、そしてEPA/FTA締約国向けの「特恵税率」が併存する。実務上は、これらのうち最も低い税率が実行税率として適用される。例えば、日EU・EPAの下ではチーズの関税率が段階的に引き下げられ、最終的に撤廃される品目もある。農産品では高い関税率（コメ341円/kg、バター35%等）が維持される一方、工業製品は多くが無税または低税率である。税関HPのWebタリフで品目ごとの実行税率を即座に検索できる。