保税運送は、外国貨物が到着した港湾・空港から最終的な通関地（内陸の保税蔵置場等）まで、関税を納付せずに国内輸送するための制度である。例えば、東京港で陸揚げされた貨物を関税未納のまま群馬県の内陸保税蔵置場まで運び、そこで輸入通関を行うことが可能となる。保税運送の承認を受けるには、発送地と到着地の両方が保税地域であること、運送経路・方法・期間を申告することが必要である。運送期間は原則として開庁日で数えて最大10日間（特別の事情がある場合は延長可能）と定められている。AEO通関業者は包括保税運送の承認を受けることで、個別の承認手続きを省略できる。