原産地証明書には大きく分けて、一般特恵（GSP）用、EPA/FTA用、非特恵用の三種類がある。EPA/FTA用は協定ごとに書式や発給手続きが異なり、日本では主に第三者証明制度（商工会議所が発給）と自己申告制度（輸出者・輸入者・生産者が自ら作成）が併存している。RCEP、日EU・EPA、CPTPPでは自己申告制度が採用されており、企業が自ら原産性を立証する能力が求められるようになった。原産性の判定には「完全生産品」「品目別原産地規則（PSR）」「累積」などのルールがあり、HSコードの変更基準（CTC）や付加価値基準（RVC/QVC）を満たすことを証拠書類で示す必要がある。証拠書類の保存義務は協定により5年間とされるケースが多く、税関の事後確認（検認）に備えた記録管理体制の整備が不可欠となる。