通関士試験は財務省管轄で毎年10月に実施され、関税法・関税定率法・通関業法・通関実務の4科目から出題される。合格率は例年10〜15%前後で推移しており、実務経験者にとっても容易ではない。通関業者が通関業務を営むには各営業所に通関士を配置する義務があり、通関士は輸出入申告書の内容を審査し、記名押印（電子署名）のうえ税関に提出する。品目分類の判断、関税評価額の算定、減免税制度の適用可否、他法令（食品衛生法・薬機法など）の該非判定まで幅広い知識が求められる。近年はNACCS（通関情報処理システム）による電子申告が主流となり、システム操作のスキルも不可欠になっている。また、AEO通関業者の認定を受けた事業所では貨物到着前の予備申告が認められるなど、業務効率化のインセンティブも拡大している。