通関手続きは関税法に基づく輸出入の中核プロセスであり、書類審査・関税等の納付・現物検査・許可取得の各ステップで構成される。日本では通関業法により、他人の依頼を受けて通関業務を行うには通関業の許可が必要であり、実務上は通関業者（乙仲・フォワーダー）が荷主に代わって手続きを遂行する。NACCSの導入により申告から許可までの電子化が進み、区分1の場合は数分で許可が下りる。ただし、他法令（食品衛生法・植物防疫法・薬機法等）の確認が必要な貨物は、関連省庁の許可・届出の完了が前提となるため、リードタイムが長くなる。AEO制度の認定を受けた事業者は審査・検査の簡素化が認められる。