関税は大きく分けて従価税（貨物の課税価格に対する割合で課税）と従量税（数量・重量あたりの定額で課税）の二種類がある。日本の関税率は国定税率（基本税率・暫定税率）と協定税率（WTO譲許税率）、さらにEPA/FTAに基づく特恵税率が重層的に存在し、実行税率は原則として最も低い税率が適用される。課税標準となるCIF価格の算定にあたっては、インボイス価格に加えて運賃・保険料・ロイヤルティなどの加算要素が含まれる点に注意が必要となる。近年は日EU・EPA、RCEP、CPTPPなど大型の経済連携協定の発効により、原産地証明書を正しく取得・管理することで関税負担を大幅に削減できる局面が増えている。一方、ダンピング防止のための不当廉売関税や、輸入急増時の緊急関税（セーフガード）といった特殊関税が発動されるケースもある。