税関検査はNACCSの審査区分3に該当した場合に実施され、X線検査・開披検査（コンテナを開けて現物を確認）・全量検査のいずれかが行われる。大型X線検査装置の導入により、コンテナを開けずにスキャンする非開披検査の比率は増加傾向にある。検査の対象選定はリスクマネジメント手法に基づき、申告者の過去実績・品目のリスク度・原産国・申告価格の妥当性などが総合的に評価される。検査に伴う費用（検査場への横持ち運賃、開梱・復旧費用）は原則として荷主負担となるため、予期せぬコスト増の要因となる。AEO事業者は検査率が低減される優遇措置を受けられる。