関税法は1954年（昭和29年）に全面改正された法律で、輸出入申告・保税地域・税関検査・事後調査・罰則など通関制度の手続き面を包括的に規定する。関税定率法が「何にいくらの税をかけるか」を定めるのに対し、関税法は「どのような手続きで通関するか」を規律する点に特徴がある。主な規定内容は、輸出入申告の義務（第67条）、保税地域の種類と許可要件（第29条〜第62条の15）、AEO制度（第7条の2等）、密輸に対する罰則（第108条の4〜第117条）などである。近年は安全保障貿易管理やテロ対策の観点からも改正が重ねられ、事前報告制度（NACCS上での積荷情報の事前提出）が義務化されている。