指定保税地域は関税法第37条に基づき、国や地方公共団体が管理する港湾施設・空港施設の一部が財務大臣により指定される。コンテナヤード（CY）やコンテナフレートステーション（CFS）の多くがこれに該当する。民間が許可を受ける保税蔵置場とは異なり、公的施設としての性格を持ち、許可申請ではなく指定という形式をとる。蔵置期間は1か月以内と短く、長期保管には保税蔵置場への転送が必要となる。この制限は港湾・空港における貨物の滞留を防ぎ、物流の円滑化を図る趣旨である。蔵置期間を超えた貨物は税関により収容・公売の対象となる。