関税計算は「課税価格 x 関税率」の算式が基本だが、実務上は複数の要素を考慮する必要がある。まず課税価格の算定では、CIF価格にロイヤルティ・仲介手数料・アシスト費用等の加算要素を加える。次にHSコードに対応する関税率は、基本税率・暫定税率・WTO協定税率・EPA特恵税率のうち最も低い税率が適用される。従価税の場合は課税価格に税率を乗じるが、砂糖やアルコールなど一部品目は従量税（重量・数量あたりの定額課税）が適用され、さらに従価税と従量税を組み合わせた複合税率の品目もある。消費税（10%）と地方消費税も同時に計算されるため、輸入貨物の総納税額は関税だけでなく内国消費税を含む合算額となる。