関税免除制度は、政策的・技術的理由により関税の納付を免除するもので、多様な類型がある。代表的なものとして、再輸入免税（第14条、一度輸出した貨物を原形のまま再輸入する場合）、再輸出免税（第17条、一時的に輸入し一定期間内に再輸出する場合）、特定用途免税（教育・研究・慈善用途等）、少額免税（課税価格1万円以下）がある。また、加工再輸入減税制度（第8条）では、国内の原材料を海外で加工して再輸入する場合に、輸出時の原材料部分を課税価格から控除できる。各免税制度にはそれぞれ適用要件と手続きが定められており、免税を受けた後に要件を満たさなくなった場合（転用等）は直ちに関税を徴収される。