輸入申告は関税法第67条に基づく義務的手続きで、貨物が保税地域に搬入された後、通関業者がNACCS（輸出入・港湾関連情報処理システム）を通じて申告データを税関に送信する。申告にはインボイス・パッキングリスト・B/LまたはAWB・原産地証明書・他法令許可証などの添付が必要となる。2017年からは輸入申告の事項登録と審査を保税搬入前に開始できる「予備申告制度」が定着しており、AEO輸入者は到着即時輸入許可も可能である。区分1（簡易審査）は書類審査なしで即許可、区分2は書類審査、区分3は現物検査となり、申告の精度や申告者の過去実績によって区分が分かれる。