地方消費税は地方税法に基づき、消費税額に22/78を乗じて算出される。国税としての消費税率7.8%に対し、地方消費税は実質2.2%相当となり、合計で標準税率10%を構成する。軽減税率（8%）の場合は国税6.24%・地方税1.76%の内訳となる。輸入申告時には関税・消費税・地方消費税が一括して納付され、NACCSの申告画面では自動計算される。地方消費税の税収は各都道府県に配分され、最終消費地の都道府県に帰属するよう清算が行われている。仕入税額控除においては、消費税と地方消費税を区分して計算する必要がある。