加算税は関税法第12条の2〜第12条の4に規定される行政上のペナルティで、主に過少申告加算税・無申告加算税・重加算税の3種類がある。過少申告加算税は修正申告や更正により増加した税額の10%（期限内申告税額を超える部分は15%）が課される。無申告加算税は申告書を提出しなかった場合に納付税額の15%（50万円超部分は20%）が課される。重加算税は仮装・隠蔽があった場合に適用され、過少申告の場合は35%、無申告の場合は40%と極めて重い。これに加え、法定納期限の翌日から延滞税（年14.6%、最初の2か月は年7.3%に軽減）が課される。事後調査で加算税が発生する案件は多く、関税評価やHS分類の適正化が未然防止の鍵となる。