植物検疫証明書（Phytosanitary Certificate）は、国際植物防疫条約（IPPC）に基づき、輸出植物・植物製品が仕向国の検疫要件に適合していることを証明する文書である。日本では農林水産省植物防疫所が発行し、輸出検査に合格した貨物に対して交付される。対象品目は生鮮果実、野菜、穀物、種子、木材、切り花など広範囲にわたり、仕向国ごとに要求される検査内容や証明事項が異なる。例えば、日本産りんごの台湾向け輸出では殺虫処理と検査が必須であり、証明書に処理内容を記載する。書類の有効期限は国によって異なるが、一般的には発行から14〜30日以内の船積みが求められる。原本提出が必要な国が多く、電子化への移行はまだ途上にある。