WMSはWarehouse Management Systemの略で、倉庫業務の効率化と正確性向上を目的とした情報システムである。入庫検品、棚入れ（ロケーション割り当て）、在庫管理、ピッキング・梱包指示、出庫検品、帳票発行の一連の作業フローをデジタル管理する。バーコードやRFIDによる貨物識別、ハンディターミナルによるリアルタイムデータ収集が標準機能として組み込まれている。3PL事業者にとってWMSは業務の根幹を支えるシステムであり、荷主のERPやECプラットフォームとのAPI連携が競争力の源泉となる。保税倉庫向けにはNACCS連携機能を備えた専用WMSも存在する。